Autor: Tobias

  • Ziemlich lächerlich. John Gurdons Zeugnis im Wortlaut

    John Gurdon, Nobelpreisträger 2012 für Medizin und Physiologie zusammen mit Shin’ya Yamanaka, war offenbar nicht besonders gut in der Schule. Hier ein Ausschnitt aus seinem Zeugnis als er 16 Jahre alt war. Sein Biologielehrer hatte wenig Hoffnung.

    Besonders schön, wie ich finde: …several times he has been in trouble, because he will not listen, but will insist on doing his work in his own way.

  • Und morgen interessiert es keinen mehr. Nobelpreise und die Berichterstattung darüber.

    Und morgen interessiert es keinen mehr. Nobelpreise und die Berichterstattung darüber.

    Wissenschaftskommunikation hat häufig ein Wahrnehmungsproblem, denn oft interessiert keine Sau, was da wieder publiziert wurde. Versteht ja sowieso keiner. Nur einmal im Jahr, bei der Vergabe der Nobelpreise sind sich alle einig: Da ist ja wirklich mal was Tolles erforscht worden! Muss ja, sonst gäbe es keinen Preis dafür. Wissenschaftsredaktionen mühen sich – geleitet von den knappen Pressemitteilung der schwedischen Akademie der Wissenschaften (Physik, Chemie) oder dem Nobelgremium des Karolinskainstituts (Physiologie und Medizin) – den Nutzen für die Medizin oder die Technik aus jahrzehntelanger und zum Teil jahrzehntealter Forschung heraus zu destillieren und möglichst schnell die frohe Kunde weiter zu verbreiten: Wieder sind zwei Forscher ausgezeichnet worden. Und einer war tatsächlich im Labor als der Anruf aus Stockholm kam (Gurdon am Montag).

    Bemerkenswerter als die heutige Auszeichnung der beiden US-amerikanischen Forscher Robert Lefkowitz und Brian Kobilka für die Entdeckung und Erforschung der G-Protein-gekoppelten Rezeptoren (GPCR) ist, dass bis gestern kaum jemand von deren wissenschaftlichen Errungenschaften gehört hat, oder deren Bedeutung einordnen konnte. Ist aber auch egal, denn spätestens zwei Wochen nach der Vergabe der Nobelpreise ist auch schon wieder vergessen, wer da warum in Stockholm ausgezeichet wurde. Oder kann sich noch jemand hier ad hoc daran erinnern, wer letztes Jahr die Nobelpreise für Medizin, Physik und Chemie erhielt?

    Wie zwölf mal in den letzen 15 Jahren gingen auch dieses Jahr beide Preise, für Medizin/ Physiologie und für Chemie, an Forscher, die sich mit molekularbiologischen Themen auseinandersetzen. Grundbegriffe aus der Molekularbiologie sollten also bekannt sein, vor allem wenn man über die Nobelpreise schreibt. Muss der diese Woche neu auf Deutsch (aber in altbackenem Design und ohne RSS feed) gestartete New Scientist dann tatsächlich noch von „Signal-Eiweißen“ sprechen? Es sind Proteine! Spiegel Online erklärt GPCRs so: „Die beiden Forscher erhalten den Preis für die Entdeckung von Rezeptoren in der Zellwand, die wichtige Signale von außen in die Zelle leiten„. Zellwand? Die Proteine sitzen in der Zellmembran.

    Reiner Korbmann greift in seinem Blog „Wissenschaft kommuniziert“ die Frage auf, ob die Wissenschaft am Rande der Informationsgesellschaft stehen bleibe, da die Kommunikation nicht funktioniert. Er fasst das Ergebnis einer Tagung zu diesem Thema so zusammen: „Wir [die Kommunikatoren] müssen die Wissenschaftler dazu bringen, über die Wissenschaftskommunikation zu diskutieren und nachzudenken.

    Und dann?

    Ich habe eine andere Theorie: Wissenschaftskommunikation muss das Erklärbär- und Babysprechalter endlich hinter sich lassen und anfangen sich damit zu beschäftigen, was Wissenschaftler tatsächlich erforschen – um dann in Masse und Klasse darüber berichten. Wissenschaft im Dialog listet Studienangebote für Wissenschaftsjournalismus in Deutschland. Wie viele der dort Eingeschriebenen haben ein Blog? Wie viele Doktoranden sitzen in den Laboren und wissen nicht, was sie nach der Promotion wirklich machen möchten? Schon mal daran gedacht über Wissenschaft zu schreiben? Es ist wirklich einfach anzufangen. Es gibt Anleitungen für gute Blogposts. Und es gibt hier gesammelt 150 persönliche Statements wie man dazu kommt „Science Writer“ zu werden. Ein Beruf, den es so im Deutschen übrigens gar nicht gibt. Brauchen wir wirklich Crowdfunding für Wissenschaftsprojekte, oder vielleicht einfach einen Fonds, aus dem guter Wissenschaftsjournalismus bezahlt wird?

    Für eine wissenschaftliche Alphabetisierung der Gesellschaft!

    Bild via I fucking love science
  • Warum Ian Wilmut für das Klonschaf Dolly keinen Nobelpreis bekommt

    Warum Ian Wilmut für das Klonschaf Dolly keinen Nobelpreis bekommt

    Die Vergabe der Nobelpreise in den naturwissenschaftlichen Disziplinen haben selten politische Tragweite, verglichen beispielsweise mit dem Friedensnobelpreis. Barak Obama erhielt diesen 2009, nachdem er erst kurz im Amt war. Wahrscheinlich hatte er dadurch noch nicht ausreichend Zeit sich als Kandidat zu disqualifizieren. Obama selbst meinte, er habe den Preis nicht verdient. Oder Yasser Arafats Friedensnobelpreis 1994. Oder der für Al Gore 2007.
    Das heißt natürlich nicht, dass die Nobelpreise in den Naturwissenschaften frei jeglicher politischen Dimension wären. Häufiger als die gewürdigten Wissenschaftler selbst, sind es aber eben jene, die unverständlicherweise leer ausgehen. 2009 erhielten Luc Montagnier und Françoise Barré-Sinoussi eine Hälfte des Medizinnobelpreises für die Entdeckung des AIDS-Erregers. Die Tatsache, dass Luc Montagnier auf dem besten Weg ist zur Galionsfigur der Pseudowissenschaften zu werden, ist das eine. Wieso aber Robert Gallo, einer der Mitentdecker des HI-Virus, nicht gewürdigt wurde, bleibt das Geheimnis des Nobelkomitees des Karolinskainstituts, das den Preis für Physiologie und Medizin vergibt.
    Die diesjährige Vergabe des Nobelpreises weist vermeintliche Parallelen zu dem Fall Gallo auf. Neben Shin’ya Yamanaka, dem Erfinder der Reprogrammierung von Körperzellen zu iPS Zellen, wurde John Gurdon gewürdigt. Zunächst hat Gurdon mit der Reprogrammierung von Zellen durch Transkriptionsfaktoren, wie sie Yamanaka gelungen ist, wenig zu tun. Er ist der Vater von inzwischen klassischen Experimenten, bei denen einer entkernten Eizelle der Zellkern einer Körperzelle eingesetzt wird. Wenn diese Zellchimären sich anfangen zu teilen, können die so generierten Embryonen zu lebensfähigen Tieren heranwachsen. Die gesamte Information, die zur Entwicklung notwendig ist, ist also auch in adulten Zellen noch vorhanden. Gurdon führte diese Experimente mit Froscheiern durch.
    Bekannter sind jedoch die analogen Versuche an Säugetieren, die erst Jahrzehnte später gelangen: Mit dieser Technik wurde am Roslin-Insititut in Edinburgh 1996 das erste „Klonschaf Dolly“ hergestellt. Warum also ist nicht auch Ian Wilmut, der „Vater von Dolly“ mit dem Nobelpreis ausgezeichnet worden? Immerhin erlauben es die Nobelpreisstatuten, dass sich bis zu drei Wissenschaftler einen Preis teilen. Nun, der tatsächliche Beitrag von Wilmut zu den Zellkerntransferexperimenten aus denen letztlich Dolly resultierte, ist umstritten und inzwischen wird Wilmuts Kollege, der weitgehend unbekannte Keith Campbell als geistiger Vater von Dolly angesehen. Der Streit eskalierte bis hin zur öffentlichen Forderung, dass Ian Wilmut die von der Queen verliehene Ritterwürde wieder abgenommen wird.
    Wäre also auch der Kerntransfer in Säugetieren nobelpreiswürdig gewesen, hätte Keith Campbell die Ehre gebührt und nicht Ian Wilmut. Ich hätte es Campbell gegönnt, sozusagen als Wiedergutmachung. Solche Argumente scheinen jedoch in Stockholm nicht zu zählen.

  • Die biologische Uhr zurück drehen. Nobelpreis für die Reprogrammierung von Stammzellen

    Die biologische Uhr zurück drehen. Nobelpreis für die Reprogrammierung von Stammzellen

    Es gibt über 200 verschiedene Zelletypen im menschlichen Körper. Hautzellen, rote Blutkörperchen, Nervenzellen, Darmepithelzellen, Herzmuskelzellen, und so weiter. Vier Tage nach Befruchtung fangen die Zelltypen an, sich zu differenzieren, nach zwei Wochen sind Ectoderm, Mesoderm, Endoderm und die Geschlechtszellen angelegt, zwei Monate nach der Befruchtung sind die unterschiedlichen Zelltypen größtenteils ausdifferenziert. Lange wurde angenommen, dass dieser zelluläre Entwicklungsprozess einer Einbahnstraße gleicht, der mit pluripotenten Zellen beginnt, Zellen also, die das Potential haben, sich in viele verschiedene Zelltypen zu differenzieren, und in unipotenten, ausdifferenzierten Zellen mit einer definierten Funktion endet.
    Erst vor ein paar Jahren gelang es Shin’ya Yamanaka diesen Prozess der Ausdifferenzierung umzukehren. Er konnte Bindegewebszellen von Mäusen in Labor durch Gabe bestimmter Transkriptionsfaktoren (sie heißen Oct3/4, Sox2, Klf4 und c-Myc) in einen Zustand überführen, in dem die Zellen sich erstaunlicherweise wieder in andere Zelltypen ausdifferenzieren liesen. Die biologische Uhr der Differenzierung wurde sozusagen zurück gedreht. Die so geschaffenen Zellen wurden induzierte pluripotente Stammzellen, oder iPS-Zellen getauft.
    Diese erstaunlichen Ergebnisse wurden inzwischen von vielen Laboren bestätigt und erweitert. Es werden immer weitere Möglichkeiten entdeckt, differenzierte Zelltypen in deren Vorläuferzellen zurück zu verwandeln oder bestimmte Zelltypen ineinander umzuwandeln. Die Methoden werden verfeinert und Stück für Stück werden so die molekularen Grundlagen der Zellentwicklung aufgedeckt.
    Hoffnungen für den therapeutischen Nutzen von iPS-Zellen werden ebenfalls an die induzierten pluripotenten Stammzellen geknüpft. Beispielsweise wäre es denkbar, körpereigene Haut für Brandopfer oder neue Herzmuskelzellen für Infarktpatienten aus iPS Zellen herzustellen. Nicht zuletzt wurde die Entdeckung der Reprogrammierung von Gegnern der Forschung an embryonalen Stammzellen als ein Argument ins Feld geführt, dass man auf richtige Stammzellen nun ja in der Forschung verzichten könne. Experten sind anderer Meinung.
    Der diesjährige Nobelpreis für Physiologie und Medizin wurde zurecht an Shin’ya Yamanaka verliehen. Seine Forschung steht für einen wissenschaftlichen Paradigmenwechsel mit noch unabsehbaren Konsequenzen, inklusive therapeutischer Anwendungen. Zum zweiten Preisträger dieses Jahr, John Gurdon, mehr heute Nachmittag.
    Die Abbildung oben stammt aus einem Vortrag von Konrad Hochedlinger.

  • Der Leitfaden für die Doktorarbeit in Bildern

    Wenn wir gerade schon bei Infografiken sind, hier die ultimative Visualisierung der Bedeutung der Promotion. Ein Leitfaden in zwölf Bildern.
    Stell dir vor, dieser Kreis symbolisiert das gesamte Wissen der Menschheit.
    Nach der Grundschule weißt du ein bisschen was davon,
    nach dem Abitur ist es schon etwas mehr.
    Mit dem Bachelor fängst du an, dich zu spezialisieren.
    Wenn du einen Master dran hängst, vertiefst du dieses Spezialwissen.
    Wenn du dabei viele wissenschaftliche Publikationen liest, gerätst du an die Grenze dessen, was die Menschheit weiß.
    Dort an der Grenze fokussierst du dich auf ein Thema.
    Du kämpfst für ein paar Jahre mit dieser Grenze.
    Und irgendwann gibt die Grenze nach.
    Und diese Delle, die du hinterlässt, das ist deine Doktorarbeit.
    Natürlich sieht die Welt für dich jetzt vollkommen anders aus!
    Der Blick auf das große Ganze relativiert das wieder etwas.
    .
    .
    .
    Kämpf weiter!
    Diese Bildergeschichte ist schon etwas älter, ich hoffe nicht jeder der hier mitliest kannte sie schon. Sie stammt im Original von Matt Might und ist hier mit englischen Untertitleln. The illustrated guide to a PhD ist unter einer Creative Commons BY-NC-2.5 Lizenz veröffentlicht.

  • Warum die Weltbevölkerung bei 10 Milliarden Menschen stagnieren wird (und andere schöne Animationen)

    Warum die Weltbevölkerung bei 10 Milliarden Menschen stagnieren wird (und andere schöne Animationen)

    Vorvergangene Woche war ich bei einem Vortrag von Hans Rosling. Hans Rosling ist der Vater von gapminder, einem Visualisierungstool, das Google aufgekauft, und die Familie Rosling damit reich gemacht hat. In seinem Vortrag auf dem OKfestival in Helsinki hat er mit Hilfe von Klopapierrollen visualisiert, warum das Bevölkerungswachstum auf der Erde aller Wahrscheinlichkeit nach bei 10 Milliarden Menschen stagnieren wird (hier der Talk, die Klopapierrollen gibt es ab min 56:40). Sein sehr unterhaltsamer Vortrag hat deutlich gemacht, wie sehr eine clevere visuelle Darstellung komplexer Sachverhalte dem Verständnis dienen kann.

    Rosling selbst ist sich der Kraft guter Visualisierungen natürlich bewusst, und er sieht darin einen wachsenden Markt. Auf dem OKfestival sagte er wörtlich: „If you know how to programme Java Script and D3 (eine recht neue Grafikbibliothek) you will have a job in the future“. Er meint damit: das Internet bietet natürlich noch ganz andere Möglichkeiten zur Visualisierung von Daten als das Stapeln von Toilettenpapierrollen: Infografiken und Datenanimationen.

    Die besten (und schönsten) Datenvisualisierungen sind letzte Woche mit den Information is beautiful Awards ausgezeichnet worden: Wie viele Soldaten sind in Afghanistan seit 2001 gefallen, wie alt waren sie und woher stammen sie? Welche Metallica-Songs wurden von der Band wann und wie oft live gespielt? Was ist Stuxnet, was hat das Computervirus angerichtet und was kann noch kommen? Eine Chronologie der 100 längsten Wikipedia-Löschdiskussionen, die tatsächlich zum Löschen des jeweiligen Artikels geführt haben….

    Der dritte Platz in der Kategorie Motion Infographic ging an eine Animation des Economist (unten eingebettet), die ebenfalls erklärt, warum die Weltbevölkerung bei 10 Milliarden stagnieren wird. Die Argumente sind natürlich die gleichen wie die von Hans Rosling: Die Geburtenrate in fast allen Ländern der Erde ist in den letzten Jahrzehnten auf etwa zwei Kinder pro Frau zurück gegangen. Eine Folge davon ist, dass die Welbevölkerung sich stabilisiert; es gibt keinen „Geburtenüberschuss“. Aufgrund der noch pyramidenförmigen Altersverteilung in vielen Staaten wird die Weltbevölkerung jedoch noch um rund drei Milliarden ansteigen.

    Ein Bild sagt mehr als tausend Worte und eine Infografik erklärt besser – und vor allem schöner – als Tabellen und tausend Zeilen Text.

  • Es wird immer billiger: Kommerzielle DNA Sequenzierung zur Vorhersage von Krankheiten

    Es wird immer billiger: Kommerzielle DNA Sequenzierung zur Vorhersage von Krankheiten

    Vor zwei Wochen nahm ich an einer Diskussionsrunde zu personalisierten genetischen Tests Teil. Firmen wie 23andMe bieten für ein paar Hundert Dollar an, die eigene DNA zu analysieren und dann Rückschlüsse auf Krankheitsrisiken, aber auch auf die persönliche Abstammung zu ziehen. Ich habe hier im Blog von der Diskussionsrunde (live) berichtet.

    Im Zuge meiner Vorbereitungen habe ich aktuelle Angebote für diese personalisierten genetischen Tests recherchiert. 23andMe testet derzeit für 300 Dollar. Das sind 100 Dollar weniger als vor knapp drei Jahren. Günstiger ist natürlich gut, und auch die Zahl der ausgewerteten Merkmale ist von rund 120 vor drei Jahren auf derzeit 243 gestiegen. Insgesamt werden dafür von 23andMe Daten von rund einer Million SNPa analysiert. Die Technik, die 23andMe verwendet nennt sich Genotypisierung. Dabei werden Mutationen in kurzen DNA-Abschnitten (single nucleotide polymorphisms, SNPs), Wahrscheinlichkeiten für bestimmte Krankheiten zugeordnet. Die Wahrscheinlichkeiten wurden (und werden weiter) in sogenannten genomweiten Assoziationstudien (GWAS) bestimmt.

    Die Genotypisierung ist nicht die einzige Möglichkeit, Daten zu Krankheitswahrscheinlichkeiten durch die Analyse der DNA zu gewinnen. Die Alternative ist die DNA Sequenzierung. Und hier sind die Kosten in den letzten Jahren dramatisch gefallen. Die Grafik des National Human Genome Research Institutes zeigt detailliert, wie sich die Kosten für die DNA Sequenzierung seit 2001 entwickelt haben. Der Preisverfall übeflügelt das Moorsche Gesetz weit und besonders auffällig ist der Preisknick nach 2007 (siehe Abbildung oben). Dieser hängt mit einer technischen Neuerung zusammen: Das sogenannte Next Generation Sequencing hat vor ein paar Jahren das traditionelle Sanger-Sequenzing in den großen Sequenzierzentren abgelöst. Das Next Generation Sequencing unterschiedet sich vor allem durch eine massive Parallelisierung der Sequenziervorgänge, hier ein Übersichtsartikel über Sequenziertechniken.

    Weltweite Verteilung der Next Generation Sequenziermaschinen, Stand 09/2012. Quelle http://omicsmaps.com

    Interessant ist auch die weltweite Verteilung der Next-Generation Sequenziermaschinen, sie bildet annährend die Verteilung der Wissenschaftsausgaben ab. Aktuell sind 2035 dieser Sequenziergeräte im Einsatz. 922 davon stehen in Nordamerika, 604 in Europa und 377 in Asien. Das weltweit größte Sequenzierzentrum ist das BGI in China mit 166 Maschinen. In Deutschland stehen 142. Trotz dieser Explosion an Sequenzierpower kostet aktuell die Sequenzierung eines kompletten menschlichen Genoms noch deutlich zu viel, um kommerziell mit SNP-Genotyping konkurrieren zu können. Das sogenannte Exomesequening, bei nicht das ganze Genom sequenziert wird, sondern nur die Teile, die tatsächlich für Proteine kodieren, ist jedoch ein günstigerer Zwischenschritt, der mittelfristig die Genotypisierung wenn nicht ganz ablösen, doch zumindest ergänzen wird. 23andMe muss derzeit dennoch keine Angst vor Konkurrenz haben. Das Unternehmen bietet (für bestehende Kunden) die Sequenzierung des Exoms mit 80-facher Coverage bereits für 999 Dollar an.

    Trotz aller Preisstürze: Deutlich günstiger und häufig zuverlässiger als genetische Tests zur Vorhersage von Krankheiten sind Blutdruck messen, ein Blick auf den Bauchumfang und auf persönliche Laster.

    Quelle Bild oben: Wetterstrand KA. DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Large-Scale Genome Sequencing Program www.genome.gov/sequencingcosts.

  • Wann verlassen mit Genmais gefütterte Ratten das sinkende Schiff?

    Wann verlassen mit Genmais gefütterte Ratten das sinkende Schiff?

    Im Englischen gibt es einen schönen Ausdruck, für den ich kein deutsches Äquivalent kenne: Preaching to the choir. Vielleicht trifft es offene Türen einrennen am besten. Oder Eulen nach Athen tragen? Jedenfalls habe ich das Gefühl, wenn ich hier über das Séralini-Paper (hier das .pdf) von letzter Woche schreibe, sowieso schon jeder weiß worum es geht und wo die Probleme bei der Studie liegen (hier noch ein paar Expertenmeinungen): Schlechtes Studiendesign, eine seltsame oder fehlende statistische Auswertung und das Vorenthalten von Daten. Ich würde mich nicht wundern, wenn Séralini das Paper demnächst zurück ziehen müsste. Aber der Medien-Coup, das Bewerben seines Buches, ist ihm mit Sicherheit gelungen. Gentechnisch veränderte Pflanzen waren ja auch hier im Blog schon manchmal das Thema und dieser Artikel mit Gründen für Grüne Gentechnik wird gerade wieder häufiger aufgerufen, wenn ich den Statistiken on Google Analytics glauben kann.

    Insgesamt hatte ich trotzdem den Eindruck, dass die Presse dieses Mal relativ schnell den Braten gerochen hat, und daher weniger sensationslüstern über die Fütterungsstudie an Ratten berichtet hat. Die Achse des Guten hat dennoch ein paar Genmais is böse und macht Krebs-Links gesammelt. Eine Übersichtsseite mit Links zu Artikeln hat auch Marcus Anhäuser vom Mediendoktor angelegt. Ein aktueller Artikel in Slate vergleicht die Gegner genetisch veränderter Organismen mit Klimaskeptikern. Nur das die einen eher rechts und die anderen eher links im politischen Spektrum anzusiedeln seien. Eine interessante Parallele, wie ich finde.

    Wer hat noch interessante Links gefunden? Oder unkritische Artikel?

    Und – was völlig anderes – vor drei Wochen sind wir ja mit ScienceBlogs auf WordPress umgestiegen. Was nervt? Was fehlt? Was ist besser?

    Schönes Wochenende.

  • Radikalisierte Terrorkommandos – Was verursacht Brustkrebs?

    Spätestes seit Cornelius‘ Artikel vom Vormonat wissen wir, dass Krebs „der Feind im eigenen Körper [ist], der aus einer irgendwann entarteten […] Zelle hervorgegangen ist, die sich Schritt für Schritt zu einem mit allen Wassern gewaschenen Terrorkommando […] verwandelt hat„.

    Es sind Mutationen, die für Krebs verantwortlich sind. Mutationen, die dazu führen, dass sich Zellen unkontrolliert teilen. In Nature ist jetzt eine Studie des Cancer Genome Atlas Consortiums erschienen, in der systematisch die molekularen Grundlagen von Brustkrebs analysiert und kartiert wurden. Oder um in Cornelius‘ dichterischem Duktus zu bleiben: In der Studie wird untersucht, welche Terrorkommandos im Busen zum Einsatz kommen und was diese radikalisiert.

    Brustkrebs ist der bei Frauen am häufigsten diagnostizierte bösartige Tumor. In Deutschland sterben pro Jahr über 17 000 Menschen an den Folgen von Brustkrebs und jedes Jahr werden 72 000 neue Fälle diagnostiziert. Da nur etwa 5% aller Brustkrebserkrankungen erblich bedingt sind, stellt sich die Frage, welche für Brustkrebs verantwortliche Mutationen in welchen Genen im Lauf eines Lebens auftreten. Ein besseres Verständnis der molekularen Grundlagen von Brustkrebs erlaubt einerseits eine bessere Klassifizierung diagnostizierter Tumore und andererseits viel zielgerichtetere Therapien, beispielsweise mit Antikörpern und Hormonantagonisten.

    Die Autoren der Studie, ein großes Konsortium hauptsächlich in den USA ansässiger Forschergruppen, haben Tumorzellen und zur Kontrolle Keimbahnzellen von 825 Patienten mit einer ganzen Batterie von molekularen Hochdurchsatzverfahren untersucht. Gesammelt wurden mRNA Expressionsdaten, Informationen zur DNA Methylierung und zu DNA Punktmutationen. Weiter wurde die microRNA sowie das komplette Exom sequenziert und die Expression bestimmter Proteine gemessen. Für 348 Tumore waren schließlich Daten von allen angewandten Techniken vorhanden.

    Mammakarzinome können klinisch in drei therapeutische Gruppen eingeteilt werden. ER-positive Tumore sprechen auf Hormonantagonisten an. Brustkrebszellen, in denen mehrere Kopien des HER2 Gens gefunden werden, können mit Antikörpern therapiert werden. Eine dritte Klasse, der diese Marker fehlen, sind auf Chemotherapie angewiesen. Diese Klassifizierung konnte in den letzten Jahren durch Genexpressionsanalyse auf vier Subtypen erweitert werden. Diese vier molekularen Klassen konnten in der jetzt vorliegenden Studie bestätigt und verfeinert werden.

    Eines der Schlüsselergebnisse ist, dass viele der neu entdeckten Brustkrebsmutationen spezifisch in den einzelnen, bereits etablierten Subklassen auftraten. Die Integration mit den Ergebnissen der anderen Analysemethoden erlaubt jetzt deutlich detailliertere Einblicke, was auf molekularer Eben in den Brustkrebsklassen passiert. Eine Zusammenfassung bietet diese Tabelle.

    Zudem sollten diese Ergebnisse ermöglichen, die Brustkrebsdiagnose durch Einsatz komplementärer Techniken zu verbessern. Eine Maßnahme, die Leben retten kann. Matthias Mann, Direktor am MPI für Biochemie und einer der weltweit führenden Proteomforscher spricht davon, dass derzeit 10% aller diagnostizierten Brustkrebsfälle falsch klassifiziert werden.

    Interessanterweise fanden die Autoren der Nature Studie außerdem, dass eine der etablierten Brustkrebsklassen, der sogenannte basal-like-Subtyp, eine ähnliche molekulare Signatur aufweist wie eine Form des Ovarialkarzinoms. Die Autoren folgern, dass beide Krebstypen folglich auf die gleichen therapeutischen Ansätze reagieren sollten.

    Die Studie ist online bei Nature frei zugänglich. Das Foto oben ist von tipstimes (CC BY-SA 2.0). Zur Diskussion ob dieses Photo eine sehr ernste Krankheit unnötig sexualisiert hier entlang.
    ResearchBlogging.orgThe Cancer Genome Atlas Network (2012). Comprehensive molecular portraits of human breast tumors Nature DOI: 10.1038/nature11412

  • Wie Patienten von Open Data profiteren könnten

    Wie Patienten von Open Data profiteren könnten

    Das Hauptthema war das gleiche wie seit Jahren in den Blogs. In der Session zu „Open research and education“ auf dem Open Knowledge Festival in Helsinki wurde viel über Open Access diskutiert, also um den kostenlosen Zugang zu wissenschaftlicher Literatur für alle, im Idealfall mit damit verbundenen Rechten, die Daten weiter verwerten zu können.

    Selbstverständlich ist Open Access wichtig und die Kritik an dem Geschäftsgebaren der großen, kommerziellen Wissenschaftsverlage angebracht: Es ist nicht ersichtlich, worin genau die Wertschöpfung der Verlage besteht, um die horrenden Abopreise für Wissenschaftsmagazine zu rechtfertigen. Das hier keine wirksamen Marktmechanismen greifen, ist unter anderem an der Breite der Preise für Einzelartikel der Verlagshäuser ersichtlich (Abbildung unten). Wenn sich Teilnehmer einer Konferenz zu Open Date gegenseitig vom Nutzen von Open Access überzeugen wollen, gleicht das allerdings dem Einrennen offener Türen, wie einer der Teilnehmer in einer der Diskussionsrunden kritisch anmerkte.

    Artikelkosten und deren assoziierten Publikationslizenzen. Open Access ist nicht teuer. Abbildung von Ross Mounce, CC by 3.0

    Wie Open Data den Wissenschaftsbetrieb beeinflussen kann, wurde an zwei weiteren Beispielen versucht aufzuzeigen. Ein Labor in Australien führt öffentliche Laborbücher im Wiki-Format. Inititativen wie Figshare fungieren als frei zugängliches Repositorium für wissenschaftliche Daten mit Fokus aus deren visuelle Darstellung, sei es als Abbildung, Animation oder Video. In wie weit diese sicher sehr löblichen Ansätze Spielerei einiger Idealisten bleiben oder tatsächlich beeinflussen, wie wir in Zukunft Wissenschaft betreiben, publizieren und kommunizieren, ist von der Reform der gängigen vertraglichen Rahmenbedingungen hinsichtlich des geistigen Eigentums der Forschungsergebnisse abhängig – und nicht zuletzt von den Geschäftsmodellen und Finanzierungsmöglichkeiten der Open Data Bewegung.

    Ich würde mir wünschen, dass bei kommenden Konferenzen zur Rolle von Open Data in der Wissenschaft noch andere, dringendere Aspekte thematisiert werden: Wie und wo werden wissenschaftliche Datensätze standardisiert gespeichert und frei zugänglich, so dass diese auch langfristig und ohne Qualitätsverlust interpretierbar bleiben? Wie können komplexe Daten visualisiert werden, so dass auch nicht-Experten von wissenschaftlichen Ergebnissen profitieren können?

    Ben Goldacre beschreibt in seinem neuem Buch Bad Pharma wie pharmazeutische Unternehmen Ergebnisse von Patientenstudien unterschlagen, die nicht den gewünschten Effekt zeigen (ein Auszug hier im Guardian). Es wird nur publiziert, was der Marketingstrategie entspricht. Das ist doch ein Thema wie gemacht für Open Data: Open Pharma. Der direkte Nutzen für Patienten (und Ärzte) ist offensichtlich.