Schlagwort: Publikationen

  • Die Resonanz auf Recently

    Die Resonanz auf Recently

    Wenn man Noah Gray Glauben schenken kann, dann ist Recently ein Treffer ins Schwarze. Der Redakteur von Nature schreibt auf Twitter über unsere App:

    These algorithms, if good, will be valuable as the quantity of published science continues to explode. The filter problem is massive.

    Gray hat das Problem erkannt! Die Zahl der jährlich neu publizierten akademischen Fachartikel steigt ständig. Dieses Jahr werden höchstwahrscheinlich zum ersten Mal über eine Million neue biomedizinische Artikel publiziert werden. Ohne technische Hilfsmittel ist es da eigentlich unmöglich, den Überblick zu behalten.
    Jährlich neu publizierte peer-reviewte biomedizinische Fachartikel der letzten 50 Jahre (nicht kumulativ!). 2013 wird erstmal die Millionengrenze überschritten. (Werte x 1000)
     
    Recently versucht genau hier zu helfen. Die App erleichtert es Forschern aus den Lebenswissenschaften sowie Ärzten mit der persönlich relevanten Fachliteratur auf dem aktuellen Stand zu bleiben. Wir haben Recently vor drei Wochen als kostenlose beta-Version veröffentlicht  und ich habe die App ja hier auch vorgestellt. Zeit für einen kurzen Zwischenbericht – und für ein Dankeschön an vielen registrierten Nutzer und Tester, von denen uns gut 50 konstruktives Feedback zur App geschickt haben.
    Ich war positiv überrascht von der hohen Zahl der Registrierungen für Recently in den ersten Wochen. Das ist nicht zuletzt anderen Journalisten, Bloggern und Wissenschaftern zu verdanken, die den Link zur App auf Twitter und Facebook, in institutsinternen Mailinglisten und auf der eigenen Website verbreitet haben. Hier eine Auswahl der Resonanz auf den Launch von Recently:
    Matthias Fromm hat mich für das Open Science Radio eine gute halbe Stunde zu Recently Interviewt. Herausgekommen ist ein gut halbstündiges Gespräch mit vielen Hintergrundinformationen.
    Die Laborwelt titelte kurz nach dem Launch: „Fachartikel: App trennt die Spreu“ und schreibt: „Die neue Web-App „Recently“ hilft Forschern, den Durchblick im Publikationsdickicht zu bewahren
    Bent Petersen, ein Assistenzprofessor für Bioinformatik in Kopenhagen schreibt in seinem Blog: „It is very easy to get started with Recentlyapp.com. You need to provide your name and a valid email address. In a second step, they ask you to provide three publications relevant to your research field, so they can start recommending articles to you.“
    Marc Scheloske berichtet in der Wissenswerkstatt ebenfalls über Recently und nennt die App ein „raffiniertes Tool um interessante Fachliteratur zu entdecken
    Soweit eine Zwischenmeldung nach den ersten Wochen, ich hoffe natürlich, dass es ähnlich erfolgreich weiter geht und wir möglichst viele neue Nutzer bekommen – selbstverständlich sind wir auch weiterhin an Feedback interessiert.
    Recently ist übrigens auch Sponsor eines Beachvolleyballteams (siehe Foto oben). Dieses Jahr sind wir bislang ungeschlagen.

  • Geklonte Bilder – Hintergründe zum manipulierten Stammzellpaper

    Geklonte Bilder – Hintergründe zum manipulierten Stammzellpaper

    Wenn Teile von Abbildungen in wissenschaftlichen Publikationen kopiert sind, dann ist das verdächtig. Wenn diese auch noch unterschiedliche Beschriftungen tragen und in unterschiedlichem Kontext gezeigt werden, dann ist das wissenschaftliches Fehlverhalten und Vorsatz kann unterstellt werden – ganz egal ob dies für die Kernaussage der Veröffentlichung relevant ist oder nicht.
    In einem in der letzten Woche in Cell publizierten Paper aus dem Labor von Shoukhrat Mitalipov fielen einer anonymen Wissenschaftlerin mehrere Unstimmigkeiten auf. Sie hat dies auf der Plattform Pubpeer dokumentiert, einer Seite auf der nach dem offiziellen Peer-Review wissenschaftliche Veröffentlichungen diskutiert und kritisiert werden können. Am auffälligsten dabei sind die Duplikationen von Bildausschnitten. Zusätzlich sind der anonymen Wissenschaftlerin noch weitere Unstimmigkeit in einer Abbildung aufgefallen, in der Genepxressionsdaten von vermeintlich unterschiedlichen biologischen Repliken verglichen werden.
    Besonderere Brisanz wird diesem Fall dadurch verliehen, dass das Paper über die Herstellung embryonaler Stammzellen aus Körperzell-DNA und Eizellehülle in den Medien starke Resonanz fand. Und vor dem Hintergrund, dass ähnliche Versuche embryonale Stammzellen herzustellen, 2006 als Fälschung entlarvt wurden. Dementsprechend hoch ist auch aktuell die mediale Berichterstattung über die Unstimmigkeiten, zum Beispiel  hier, hier oder hier.
    Ich möchte hier versuchen, auf ein paar Fragen einzugehen, die vielleicht nicht detailliert genug in den großen Online-Blättern zur Sprache kommen.

    Versehen oder Vergehen?

    Mitalipov beschwichtigt in einem Interview in Nature und erklärt, es habe sich um ein Versehen gehandelt, das möglicherweise durch einen zu hastigen Begutachtungsprozess nicht entdeckt wurde. Meiner Meinung nach wurden die Bilder in Abbildung 6D und S5 vorsätzlich vertauscht und unterschiedlich beschriftet (siehe Abbildung hier oben). Wer Bilder am Mikroskop erstellt und speichert, sorgt dafür, dass diese eindeutig benannt und geordnet abgelegt werden. Wer eine veröffentlichungsreife Abbildung anfertigt, vergewissert sich mehrfach, dass das was man da sieht, das ist, was gezeigt werden soll. Wieso der Maßstab auf dem selben Bild einmal fehlt und einmal vorhanden ist, verstehe ich ebenfalls nicht.

    Sind die Fehler relevant für die Kernaussage der Veröffentlichung?

    Bei den vertauschten und zurechtgeschnittenen mikroskopischen Aufnahmen kann ich das nicht beurteilen. Die Fehler in Abbildung S6 hingegen sind jedoch sehr nahe dran. Ein Kernaspekt der Studie betrifft die Ähnlichkeit der hergestellten Stammzellen zu natürlichen embryonalen Stammzellen. Um das zu beurteilen, werden Genexpressionsmuster verglichen. Je besser diese korrelieren, desto mehr ähneln sich die Zellen. Man sieht das gut in Abbildung 7A. Generell werden solche Experimente in technischen sowie biologischen Replikaten durchgeführt (meistens drei), um die Stärke der Korrelation der Genexpressionsmuster besser beurteilen zu können. Das sind die Autoren in Abbildung S6 schuldig geblieben (hier unten).
    Abbildung S6 aus dem Paper. Die Grafiken oben mitte und rechts sind identisch. Die Grafiken in der Mitte links und unten rechts sehen laut anonymem Gutachter bei PubPeer zu gut aus, um von biologischen Replikaten zu stammen.

    Hat der Peer-Review Prozess versagt?

    Nein. Versagt hat die Redaktion von Cell. Ich gehe eigentlich davon aus, dass die meisten Wissenschaftsmagazine – mit Sicherheit aber Cell – inzwischen Software besitzen um Fälschung in Abbildungen zu detektieren. Warum eine solche Software in diesem Fall nicht eingesetzt wurde, ist rätselhaft. Deutlich kritikwürdiger als der Reviewprozess ist also die mangelhafte redaktionelle Arbeit beim Elsevier – Flaggschiff.

    War der Peer-Reveiw Prozess zu schnell?

    Laut Angaben von Cell wurde das Paper am 30. April eingereicht, am 3. Mai überarbeitet und am selben Tag akzeptiert. Meiner Erfahrung nach spiegeln diese Daten nicht den Ablauf des tatsächlichen Begutachtungsprozesses wider. Normalerweise wird ein eingereichtes Manuskript als erstes redaktionell bewertet und entschieden, ob die Veröffentlichung überhaupt zu Gutachtern geschickt wird. Diese werden dann mit der Bitte kontaktiert, das Manuskript innerhalb von drei Wochen zurück zu schicken (nachzulesen auch hier). Danach kann eine Publikation entweder abgelehnt werden (sehr häufig) oder nach Bearbeitung der Anmerkungen der Gutachter durch die Autoren akzeptiert werden.
    Um die offiziellen Begutachtungszeiten für Manuskripte niedrig zu halten (und die Ablehnungsraten hoch), greifen Journals zu einem Kniff: Papers, die stark überarbeitet werden müssen, werden abgelehnt. Allerdings wird den Autoren ermöglicht, das verbesserte Manuskript beim gleichen Magazin erneut einzureichen. Bei etwaiger Veröffentlichung gilt dann das zweite Einreichdatum, und das kann sehr nahe beim Datum liegen, an dem das Paper zur Veröffentlichung akzeptiert wurde.
    Seltsam mutet daher die Antwort von Mitalipov auf die Frage an, warum solche Eile bei der Publikation der Daten bestand. Der Hauptautor der Studie nimmt Cell in Schutz und sagte dazu zu Nature, er wollte die Veröffentlichung beschleunigen, um die Ergebnisse bei einem Meeting im Juni zu präsentieren.
    Seit wann müssen Daten publiziert sein, um bei einem Meeting präsentiert werden zu können? Und seit wann hat ein Autor einen solch großen Einfluss auf die Publikationspolitik eines Journals?
    Autoren müssen bei der Veröffentlichung eines Papers immer etwaige Interessenkonflikte angeben. Wie werden wohl bei Cell Interessenkonflikte von Editoren behandelt?

  • Ein Haufen Daten und doch kein Müll: Das ENCODE-Projekt

    Traditionell werden wissenschaftliche Ergebnisse zu einem Projekt aus einem Labor zu einem Manuskript zusammengefasst, an ein Magazin zum Begutachten geschickt, und eines schönen Tages publiziert. Was passsiert aber, wenn 442 Autoren aus über 100 verschiedenen Instituten und Universitäten 147 verschiedene Zelltypen untersuchen? Es entsteht die Enzyklopädie der DNA-Elemente (ENCODE), deren zweite Phase jetzt auf einen Schlag in 30 Papers publiziert wurde.
    Im ENCODE Projekt wurde systematisch untersucht, welche Teile der DNA tatsächlich in RNA transkribiert werden, wie dies mit bekannten Transkriptionsfaktoren zusammenhängt, also Proteine, die an DNA binden und so die Transkription beeinflussen, wie sich das Chromatin, zwischen den Zelllinien unterscheiden und  wie spezifisch die Histone modifiziert sind (Histone sind Proteinkomplexe, um die die DNA gewickelt ist). Schon dieser Satz mit sechs Kommas macht Mühe zu lesen. Wie soll man dann verstehen was bei dem ENCODE Projekt rauskam?
    Die Autoren fassen es in dem Hauptpaper in Nature so zusammen:  „These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions.“ Anders ausgedrückt: Die DNA, die zwischen den Genen liegt (rund 98% der Gesamt-DNA, im Jargon „Junk-DNA“) hat regulatorische Funktion. Sie beeinflusst direkt und indirekt wann und wie stark Gene abgelesen werden, und ermöglicht dadurch einerseits die große Diversität von Zelltypen und andererseits auch spezifische Antworten von Zellen auf externe Reize.
    Die Ergebnisse einer dermaßen umfangreiche Studie können unmöglich in Textform einem einzelnen Artikel akkurat zusammengefasst werden. Nature hat das auch erkannt, und bietet ein nettes Visualisierungstool zu den jetzt publizierten ENCODE Ergebnissen an. Man kann dort in 13 verschiedenen Handlungssträngen die Ergebnisse der Studie nachvollziehen. Das ganze gibts auch als iPad/iPhone App. Und wer eine etwas skeptischere Analyse der Ergebnisse direkt vom Koordinator des Projects und gleichzeitig verantwortlicher Autor des Nature Papers lesen will, ist mit dem Blogartikel von Ewan Birney gut bedient.

    Die etwas andere graphische Darstellung der Ergebnisse kommt von Luisa Lente. Sie hat das Cover der Ausgabe von Genome Research im Miró-Stil designt (hier links). In dieser Ausgabe sind glaube ich 16 der 30 Papers veröffentlicht. Luisa und Hagen (Erstautor des Tilgner et al. Papers) haben lange hier in Barcelona gewohnt und auch sonst sind die Papers mit Autoren aus meinem persönlichen Umfeld gespickt. Glückwunsch an dieser Stelle, ich werde mich jetzt gleich zur ENCODE Beer Session in Richtung Strand aufmachen, vielleicht kann ich später noch ein paar Fotos von Autoren nachreichen :-).

     

    Edit 20:30.
    Hier ein paar Fotos von der Feier.

    Autoren: Paolo vor Poster, Sara mit Kind und Tom Gingeras, Colin mit Tom Gingeras

    Roderic Guigó und Tom Gingeras vor Luisas Poster

    Im Innenhof

  • Viel hilft viel – Deutsche Wissenschaft im internationalen Vergleich

    Vor ein paar Wochen habe ich eine Statistik zu Publikationszahlen genutzt und zu zeigen, welche Wissenschaftsdisziplinen in Deutschland über durchschnittlich gut (Astronomie, Physik) und unterdurchschnittlich schlecht publizieren (Sozialwissenschaften). Trotz der Erklärungsversuche in den Kommentaren sind die Gründe dafür immer noch nicht klar identifiziert.
    Die Analyse geht weiter. Hier verwende ich andere Publikatioszahlen von Thomson Reuters für einen internationalen Vergleich der wissenschaftlichen Produktivität der letzten zehn Jahre. Die Analyse ist beschränkt auf die zwanzig Länder mit den meisten Publikationen, zusätzliche Daten wären kostenpflichtig gewesen.
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  • Kämpfen und verlieren – Felisa Wolfe-Simon, das Arsen-Paper und die Öffentlichkeit

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    Spät, aber noch vor Heilig Abend kommt er, der Artikel über Felisa Wolfe-Simon und ihr Arsen-Paper in Science. Die Veröffentlichung selbst ist schon überall auseinander genommen worden, hier daher Hintergründe dazu, wie und wieso dieses Paper so geschrieben und veröffentlicht werden konnte, und die Frage, was es für Autoren wissenschaftlicher Veröffentlichungen überhaupt bringt, wenn ein Paper öffentlich diskutiert wird.
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  • Proteine am Rande der Faltbarkeit

    Was für ein PR-Stunt! Ich erzähle erst drei Blogposts lang was über Proteinfaltung und Chaperone, um dann dem geneigten Leser hier mein jüngstes Paper unterzujubeln. Evolution, kontroverse Forschungsergebnisse, bunte Abbildungen, Publikationsdrama, ein Vorhersagealgorithmus und ein Zitat aus einem Bibelforum. Alles in einem Blogpost.
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  • Ein Modellorganismus für die Systembiologie

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    Ein Bakterium mit der Minimalausstattung an Genen, die zum eigenständigen Überleben notwendig sind wird zum Modellorganismus für die Systembiologie. Drei Veröffentlichungen in der neuen Ausgabe von Science beschreiben die molekularen Baupläne von Mycoplasma pneumoniae. Komplexe Regulationsmechnismen verhelfen dem Organismus mit nur rund 700 Genen zu einer erstaunlichen Anpassungsfähigkeit.
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  • Die Strategie bei der Beantwortung der Kommentare der Reviewer

    Heute ein Beitrag aus dem echten Forscherleben. Wir schreiben Artikel, diese werden an Magazine eingereicht. Dort wird von einem Editor entschieden, ob der Artikel prinzipiell zum Journal passt.
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  • Suchmaschinenoptimierung für PubMed

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    PubMed ist die größte Literaturdatenbank für biomedizinische Forschungsartikel mit Millionen Einträgen. Hier ein paar Tips für die effiziente Suche und Hinweise auf alternative Suchmaschinen für die PubMed Datenbank. Gibt es eigentlich die Möglichkeit für Autoren ihre Sichtbarkeit in der Datenbank zu erhöhen?
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  • Der Frust beim Paper schreiben

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    Wer forscht muss seine Daten auch irgendwann publizieren, sei es in Form von Papers, der Dissertation oder einer anderen Abschlussarbeit. Die Probleme, die beim Verfassen von wissenschaftlichen Arbeiten auftreten sind immer wieder die gleichen. paperfrust.wordpress.com ist eine Plattform, auf der Fragen und Lösungen gesammelt werden mit dem Ziel schnell zu helfen wenn es beim Zusammenschreiben hakt.
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